La rete di canali di cui il territorio consortile è dotato ha prevalentemente una funzione promiscua di irrigazione e, nei momenti di particolare instabilità della situazione meteorologica, di colatore delle acque di piena provenienti dai centri abitati e dai torrenti montani e collinari.
Il Comprensorio del Medio chiese è suddiviso dal fiume chiese in due ben distinti sottobacini nei quali si sviluppano i canali principali di bonifica e di irrigazione, uno denominato Naviglio Grande Bresciano, in sponda destra del fiume, con derivazione dallo stesso in comune di Gavardo fino alla periferia sud della città di Brescia e l'altro, in sponda sinistra, denominato Roggia Lonata Promiscua che si diparte dal fiume Chiese in località Cantrina di Bedizzole fino alla località Salago, diramandosi poi in due canali che portano le loro acque d'irrigazione nei comuni di Montichiari, Calcinato, Bedizzole, Lonato e nel territorio dell'Alto Mantovano.
Il canale Naviglio Grande Bresciano lungo il suo percorso dalla presa sul fiume Chiese a Gavardo fino a S. Eufemia della Fonte raccoglie le acque di precipitazione di un bacino idrografico di oltre 80 Kmq compreso fra i monti di Paitone e quelli di Serle, Botticino e Caionvico.
Nonostante la presenza di numerose deviazioni in sponda sinistra, durante le forti precipitazioni, la portata del canale supera le sue capacità di smaltimento cosicché nei territori di Nuvolera, Mazzano, S. Eufemia della fonte, Botticino, Rezzato e Borgosatollo si verificano non infrequenti allagamenti che interessano i rispettivi abitati provocandovi danni ingenti.
Il canale Roggia Lonata Promiscua e le sue derivazioni, scorrendo ai piedi delle colline moreniche del Garda, raccoglie le acque di precipitazione di un bacino idrografico di circa 35 Kmq.
Nei periodi di piogge, anche di media intensità, dai bacini sopraindicati scendono notevoli quantità di acqua che si accumulano nei predetti canali di bonifica procurando disalvei ed inondazioni degli abitati, dei terreni, delle strade anche di grande traffico e notevoli disagi alle popolazioni delle zone limitrofe ai predetti colatori.
Il Consorzio si è fatto quindi promotore di iniziative di programmazione e di coordinamento con i vari Enti locali interessati, onde consentire la realizzazione degli interventi di difesa del territorio ed in special modo degli abitati e delle strade provvedendo alla redazione di progetti per assicurare una adeguata sistemazione idraulica nelle zone del comprensorio più soggette ad allagamenti.
La sistemazione idraulico-agraria dei diversi corsi d'acqua che confluiscono nei principali due canali adduttori del bacino di destra e sinistra Chiese e la costruzione di scolmatori di piena, dovrebbero contribuire non solo ad assicurare lo smaltimento delle acque di vaste zone abitate e di terreni agricoli da possibili e periodici allagamenti durante le piogge di forte ed anche media intensità per la difesa delle molteplici attività secondarie e terziarie che si vanno diffondendo nel comprensorio, ma anche per una più concreta ed incisiva azione di prevenzione e di salvaguardia del territorio nel rispetto dell'ambiente con particolare riferimento al recupero organico dello stesso.
L'attuale situazione relativa al regime idraulico dei canali consortili è gravemente compromessa e pur con la costante presenza del personale del Consorzio nelle zone operative si riscontra, in particolare nei comprensori pedemontani e collinari, ove l'inurbamento ha evidenziato la carenza dei canali a ricevere gli afflussi di acqua meteorica, una precaria ed insostenibile situazione che porterà ad una progressiva estensione degli allagamenti anche a zone fino ad ora esenti da tali danni.
Attualmente la componente agricola, tributaria delle spese per l'esercizio irriguo, sta sostenendo totalmente i costi di gestione e di manutenzione delle opere di bonifica; il Consorzio, in base anche alle disposizioni di legge regionali e statali, sta predisponendo un nuovo piano di classifica della contribuenza consortile in modo che l'onere per l'esecuzione e la gestione delle opere di bonifica dovrà essere in futuro ripartito secondo i benefici che le proprietà agricole ed extra agricole ricevono dalle opere consortili.